Đông Quán Hán ký là thành quả của nhiều soạn giả, trải qua nhiều thời kỳ khác nhau, nên không tránh khỏi khuyết điểm thiếu nhất quán về mặt văn phong. Theo tác giả đời Tấn là Phó Huyền thì tác phẩm này lẫn lộn và tạp nhạp, cho thấy khuyết điểm thiếu nhất quán về mặt lựa chọn và sắp xếp sử liệu; đó cũng là nguyên nhân mà Hậu Hán thư – có kết cấu hoàn chỉnh và chặt chẽ hơn – đã giành được vị trí của Đông Quán Hán ký trong lịch sử Trung Quốc.

Nhưng Đông Quán Hán ký lại là tác phẩm lịch sử đương đại, các soạn giả có được nguồn sử liệu vô cùng phong phú và rất đáng tin cậy. Những mất mát của Đông Quán Hán ký cũng chính là những mất mát của lịch sử Trung Quốc.